(ur. 26 IX 1657 w Kieżmarku, zm. 13 IX 1705 w Izmit, Turcja) – książę Górnych (1678) i Środkowych (1682) Węgier, władca Księstwa Siedmiogrodzkiego (1690–1691). Syn szlachcica węgierskiego Istvána Thököly. Jego małżeństwo z Iloną Zrinyi, wdową po Franciszku I Rakoczym, pozostało bezdzietne. Był ojczymem Franciszka II Rakoczego.
Po aresztowaniu i egzekucji zaangażowanego w ruchu antyhabsburskim ojca uciekł do Siedmiogrodu, gdzie na obszarach graniczących z Królestwem Węgierskim począł organizować antyhabsburską partyzantkę (tzw. kuruców). Przy pomocy księcia siedmiogrodzkiego, Mihalya Apafiego, nawiązał kontakt z Ludwikiem XIV i Janem III Sobieskim. Istotnie uzyskał francuskie subwencje pieniężne i nieoficjalną pomoc polską – kilka tysięcy żołnierzy Hieronima Lubomirskiego.
W 1678 roku zajął większość ziem Królestwa Węgierskiego i objął tam rządy jako książę Górnych Węgier. W 1680 roku zaatakował Morawy. Nawiązał też kontakt z Turcją, która, kończąc w 1681 roku wojnę z Rosją, stwarzała realne nadzieje na udzielenie pomocy. Mimo iż Leopold I zdecydował się pójść na ustępstwa i na sejmie w Sopron (IV 1681) ogłosił przywrócenie państwowych instytucji węgierskich, mianował palatyna – Pála Esterhazyego i przywrócił wolności religijne, Thököly nie podporządkował się cesarzowi, umacniany w swej decyzji przez dyplomację francuską i turecką. W 1682 roku, jako książę Środkowych Węgier, uznał się za wasala Porty Otomańskiej, która na poświadczenie swej wiarygodności oddała mu zdobyte przez paszę budzińskiego Koszyce i Filatovo. Gdy jednak w 1683 roku Turcy zaatakowali Wiedeń, nie przyłączył się bezpośrednio do ich armii, kokietując Jana III Sobieskiego mirażem korony węgierskiej dla jego syna Jakuba i starając się odciągnąć go od sojuszu z Habsburgami.
Zwycięstwa „Świętej Ligi” pogarszały jednak jego położenie. Gdy w 1685 roku zjawił się w Wielkim Waradynie, by prosić o pomoc tamtejszego paszę, został niespodziewanie aresztowany, był to bowiem warunek podjęcia przez Leopolda negocjacji pokojowych, o które zabiegali Turcy. Wprawdzie negocjacje nie doszły do skutku i Thökölya wkrótce uwolniono, jednak nie zdołał on już nigdy odbudować swej armii, która w międzyczasie rozpierzchła się.
Nie był też w stanie przyjść z pomocą swej małżonce, Ilonie Zrinyi, która przez ponad dwa lata (XII 1685 – I 1688) broniła przed wojskami habsburskimi twierdzy w Munkaczu, a po kapitulacji została odwieziona pod strażą do Wiednia.
Nowe możliwości pojawiły się dopiero wówczas, gdy w wyniku ofensywy turecko-wołoskiej i oddziałów Thökölya dowódca cesarski w Siedmiogrodzie, gen. Donat Heissler, poniósł klęskę pod Zernest (Zărnești, 21 VIII 1690) i dostał się do niewoli. Wskrzeszono zlikwidowane przez Habsburgów Księstwo Siedmiogrodzkie, sejm wybrał na księcia Thökölya i natychmiast został on intronizowany (21 IX 1690). Jednak w grudniu wojska cesarskie poczęły wypierać kuruców i wkrótce książę musiał opuścić Siedmiogród (1691). Nigdy już nie wrócił na Węgry.
Jedynym jego osiągnięciem była wymiana gen. Heisslera na przetrzymywaną w Wiedniu małżonkę, która od 1692 roku towarzyszyła mu na wygnaniu w Turcji. Oboje nadal interesowali się losem Węgier, zabiegając u rozmaitych przebywających w Turcji dyplomatów (w tym przede wszystkim polskich) o wywarcie nacisku na dwór cesarski, by respektował prawa narodowe Węgrów.